Hlý örvun vatnsmeðferðarbaðkars hvetur heilann til að losa endorfín, „hamingjuhormónið“. Áhrif þess eru svipuð og morfín, en án aukaverkana. Fólk finnur fyrir léttleika, ró og jafnvel aukinni hamingju meðan á vatnsmeðferð stendur, sem er afleiðing áhrifa endorfína.

Fyrir sjúklinga með hjartasjúkdóma, háan blóðþrýsting eða lágan blóðþrýsting krefst notkunar á vatnsmeðferðarpotti sérstakrar varúðar. Hitastig vatnsmeðferðarbaðkars er venjulega á bilinu 36°C til 40°C. Að liggja í bleyti í heitu vatni getur valdið æðavíkkun, sem leiðir til sveiflna í blóðþrýstingi.